休斯顿号上的水手唐纳德·布莱恩（Donald C. Brain）听说要去新加坡，感到非常高兴。他曾经几次航行到过新加坡，觉得新加坡是个美丽的地方。然而10月7日，当战俘们从巴达维亚步行来到丹戎不碌港码头看到要载他们出海的航船的时候，大家都担心起来。根据布莱恩的回忆，那艘船“简直让人不可思议”。因为他是最先上船的士兵之一，所以被塞进底舱部位，他说：“那里有成袋的谷子和各种杂物，由于潮湿已经开始腐败。而且舱里异常闷热、潮湿，充斥着刺鼻的臭气。”

汤姆·费根（Tom Fagan）也对这次航行忧心忡忡。从码头上看，他以为根本没办法让所有战俘挤进那艘船，更何况人们还把货物运到船上。而凶神恶煞一般的看守推搡战俘，用枪托驱赶战俘，强迫他们走上跳板上船，看守“呼喝、吼叫，如同地狱里的魔鬼在生锈的巨大铁桶侧攀援而上”。没用多久，战俘们就被沿着几乎垂直的梯子塞进“充斥着老鼠的船腹深处”。

这艘船是4574吨重的乾坤丸，归肯轮船公司所有。1500名战俘被分别安置在两个货舱中，每个货舱都有三层木制甲板，每层甲板上都搭建有平台，甲板上的空间高度仅够爬行，每个战俘的空间大约1. 5米长、0. 6米宽。布莱恩在最狭窄的底层，隔离壁和龙骨呈一定角度相连，海水渗进舱底。他找到装着腐烂谷子的口袋作为床铺。和平常一样，没有厕所，舱里的气味很快就让人无法忍受。费根表示：“舱里人身上的汗臭、尿臊，夹杂患痢疾战俘排泄物的气味，实在无法用语言形容。”

战俘们在码头附近等待了36个小时，日军最终给了他们每人一些茶、一个饭团、一些黄豆汤。起初，有些人瞧不上这些食物，吃起了他们偷偷带上船的牛肉罐头，可是自己带上来的食物不足以果腹，而且战俘还需要水，但是没人给他们一滴淡水。费根回忆道：“人们梦中看到的都是甘甜清澈的山间泉水喷涌而出，大家眼前随时都是瀑布的幻觉。”日本看守却拿着橡皮管子浪费地到处喷水，折磨战俘。

海军陆战队下士罗伯特·查尔斯（H. Robert Charles）经过一番努力，和他的战友詹姆斯·吉（James W. Gee）、詹姆斯·麦克恩（James McCone）一起上船，他们都是休斯顿号上的幸存者。麦克恩人称“口袋老鼠”，的确名副其实。他偷偷带上船来5加仑的桶，里边装满淡水，这些水挽救了好几个人的性命。他们3人尽量待在上层，这样可以呼吸到一些新鲜空气。在底层，唐纳德·布莱恩坐在他的谷子袋上，听着不知何处传来的老鼠窸窸窣窣的声音。舱里只有一个灯泡，用绳子吊着，随着船身晃动摇摆不定。在远处的角落里，依然一片漆黑，一名战俘说腐烂的谷子和大米可能会产生甲烷。

查尔斯、吉、麦克恩3人尽量待在靠近梯子的地方，如果出现情况，他们可以迅速逃向甲板。听着巨大的螺旋桨旋转搅动海水和船体各处吱吱嘎嘎的声音，他们时而谈天，时而小睡，任由陈旧的货船乾坤丸在夜幕中缓缓前行。让查尔斯最担心的是这艘船单独航行，没有护卫舰，而且挂着日本国旗，船上没有水密舱，没有救生衣，一旦遭到袭击，必然死路一条。

乾坤丸用了3天时间到达新加坡，于10月11日驶入码头。尽管航行条件极其艰苦，但只有一名澳大利亚战俘死亡，其他人都活了下来。战俘们下了船，步行前往樟宜。有些人以为在新加坡可以好好休息一下，可是事实证明他们错了。51

4天后，第2批战俘离开爪哇，其中包括200名荷兰士兵，罗波斯顿（L. J. Robertson）少校指挥的第6营第2野战工程连的385名澳大利亚士兵，布鲁彻·萨普（Blucher S. Tharp）中校指挥的第2营、第131野战炮兵团的450名美国士兵，还有澳大利亚轻型巡洋舰珀斯号和美国重型巡洋舰休斯顿号上的幸存者。这支部队的核心后来以“布兰奇第五党”的名字为人所知。

第131团巴特利炮兵部队指挥部的无线电收发员凯尔·汤普森（Kyle Thompson）得知准备出发的消息，这时日军做出了与平时完全不同的举动：给了战俘国际明信片，并让他们寄回家里。明信片上印有事先写好的短文，其中有些地方有选项，由寄件人选择，比如，“我（很好）（不好）”，“我（在）（没在）工作”，“我和朋友在一起”等等。汤普森很高兴自己的家人终于能够知道自己平安无事的消息了。然而日军并没有马上发出这些明信片，汤普森的父母在1943年圣诞节当天才收到了1张。

第131野战炮兵团的中士弗兰克·藤田（Frank Fujita）的情况有些特殊，他是日裔美国人，二战期间被俘虏的日裔美军寥寥无几，他还是“消失”的第2营中的巴特利炮兵部队中的士兵。第131团的主力部队在巴达维亚被俘后遭到囚禁，日军把巴特利炮兵部队和其他战俘分开，用火车把他们送到苏腊巴亚关押起来，在那里他们和那些没有被送上乾坤丸的战俘暂时关押在一起。守卫又把他们分成两部分，分给一部分人红布带。藤田接到了红布带，系在胳膊上作为标记。他所在的部分准备前往日本，其他人准备前往缅甸。

10月11日早晨，日军用轮渡把战俘们载到5813吨重的大日丸上，这条船最近已经作为战俘船把战俘从帝汶岛运到爪哇。藤田说，这艘锈迹斑斑的旧货船“好像随时都会沉没”。第131团的尤里乌斯·海楠（Julius B. Heinen）中尉解释道，日军有一种更加简便的方式填满货舱：直接把人推进去。如果货舱看起来满了，他们就用步枪枪托或者刺刀向货舱内距离他们最近的战俘戳打，这些人就会奋力挤进舱内人群之中，这样就会腾出地方让更多的战俘进去，然后再重复这一过程。炮兵罗伊·奥福利（Roy M. Offerle）回忆说：“即使是罐头里的沙丁鱼，占的地方也比我们在那条船上的空间大。”

休斯顿号上的一名水手赛尔顿·里斯（Seldon D. Reese）这样形容他们待过的货舱：从底部到头上的木架子大约0. 9米高，上方是另一层架子。战俘们蠕动着爬向角落躺下，因为实在太矮，根本无法坐直。他们只有在用厕所的时候才被获准走出货舱。里斯说道：“那里比地狱还要酷热，臭气扑鼻，天哪！那地方臭得让人受不了！”

休斯顿号上的另一名水手小威廉·基辛格（William Kissinger）指出，这艘船是为了身材矮小的日本人设计的。他记得平台仅仅垫起了1. 2米高，每层之间仅有0. 6米的距离。基辛格觉得自己非常幸运，夹杂在最后一批战俘中登船，他处在货舱的中心位置，距离梯子大约1. 8米远，那里总是人来人往。不过他表示：“那里有一点好处，只要有新鲜空气进来，我就能呼吸得到，或者其他别的东西掉进来我也能得到。我们与主甲板相隔4个甲板的距离。”

船上有两个货舱，前货舱与后货舱，容纳了大约500人。在他所在的区域，战俘们只能坐在别人腿之间的空隙里。这艘船燃烧煤炭，发动机房的热量通过隔离壁传过来。气候炎热，加上航船正在穿越赤道，战俘们估计舱内温度超过48℃。地板上满是活的虫子，一支日本骑兵部队的马匹就安置在战俘所在的货舱上方，下层货舱顶部是木板，木板之间的空隙达到2～5厘米，马匹的排泄物就直接倾泻在了下层战俘的头上。藤田患上了痢疾，不能及时爬上甲板去厕所，衣服都弄脏了。日军不希望病人把疾病传染给马匹，于是藤田和其他病号都被迫脱下裤子，把裤子扔进海里。藤田对此并不介意，他觉得能够待在上层甲板就是自己唯一的救命良药。