战俘们在10月30日乘船离开，不过吉田丸上的战俘并不是同一群人，博埃格洛达克监狱里的英国战俘大多数仍是原班人马，不过再次登船后本地劳工不在其中。船向北行驶，战俘们被关在令人窒息的货舱里，意识到他们并不是像风传的那样前往缅甸参与缅甸铁路修建，而是向南中国海航行。在新加坡港口时，他们得知盟军潜艇正在整个太平洋地区袭击日本商船。

11月3日船在西贡外的圣·雅克角第一次暂时停泊，这有些反常，因为船以前从没停过。在新加坡丸上，斯科特（E. R. Scott）中校要求让病号下船透气，日军断然拒绝。不久，大日丸紧急转向驶离。日军强迫甲板上的战俘进入货舱，并把它们关在货舱里24个小时。库克回忆道：“我们所在的货舱成了污水沟，而且在接下来的3天航程里一直如此。”

在“一战”停战纪念日，大日丸上第一次出现战俘死亡的情况，这名战俘是皇家空军的格莱尼斯特（Glenister）。战俘要求进行安葬仪式，出人意料的是日军居然答应了这个请求。有人做了英国国旗覆盖尸体，人们用国旗把尸首裹紧。战俘们在甲板上立正站好，一名佩戴着勋章、白手套、武士刀的日本高级军官出现在船中央，乐手跟随其后，旁边有4名日本士兵，手持托盘，托盘上放着牛奶、鱼、糖、日本食品。一名军官主持安葬仪式，乐手奏乐，尸体被扔进海里。军官们轮流向海里抛掷食物，祭奠亡魂。安葬仪式圆满结束。

尽管战俘们对安葬仪式印象深刻，很多人仍然认为如果把祭奠的食物给格莱尼斯特一点，那么他就不会死，也就没有必要进行安葬仪式了。库克自信对日本人的性格有所了解，向其他人解释说，日本人对死者非常尊敬，尤其是那些为自己国家献身的人。不过很遗憾，“他们对战俘毫无敬意，他们眼中的战俘根本算不上是人类。对战俘来讲，重新获得尊敬的方法只有死亡。”

同样的事情继续发生，接下来几个死去的战俘也获得了同样的礼遇。不过死去的战俘越来越多，那名高级军官就不再出现了，后来乐手也没有了，而后日军不再用食物祭奠亡灵。最后出席的日军代表只有一名懒散的看守，而且这名看守对整个葬礼过程显得很不耐烦。就这样，80名战俘葬身海底。

在货舱里，库克和那些濒死的战俘说话，给他们以最后的安慰，除此之外，他没有别的办法帮助他们。他被深深地触动，有些人放弃了生存的希望，有些人直到最后一刻仍然紧紧抓住生命的火花。所有的死者尸体都被用布紧紧包裹，沉入海底。

中国南海近来天气晴好，日军允许战俘在甲板上行走。那些垂死的战俘、身体过于虚弱的战俘没办法爬上梯子，只能躺在自己的排泄物中。舱内暗无天日，不少死者裹在自己的毯子里，数天之后没有被人发现。

11月中旬，船队到达台湾高雄，斯科特中校再次要求让病号下船，这次日军同意了，他们可能担心回到日本后船里剩下的只有死尸。其他战俘也被带下船，在岸上度过了3天，这段时间里日军把死尸火化。第二天，大日丸上部分战俘共几百人作为劳工被留在台湾。上个月乘坐利马丸从马尼拉来的268名美国战俘，加上200名来自新加坡的各国战俘被带上船。另外，又有600名日本部队登上新加坡丸。

11月14日，战俘被运往澎湖列岛。库克称那里是“台湾西边一群荒凉萧瑟的岛屿”。船在那里停泊了3天，等待风暴平息。船上所有的灯都熄灭了，不过这对于在货舱中始终处在冥界般幽暗之中的战俘来说没有影响。战俘死去海葬的事情继续发生。第4天，他们加入了一支有5艘舰船和一艘担任护卫的驱逐舰组成的船队，船上依然一片漆黑。一个会讲马来语的日本士兵告诉库克，在他们经过的这片海域里，美军潜艇已经击沉过很多航船。后来这名士兵又加了一句：“罗斯福不好。”

战俘的食物一直非常糟糕，现在每个人食物的分量更少，质量更差。奥蒂斯·金看到厨师把大块的猪肉肥膘扔到海里时几乎要哭起来。无论如何恳求，日军都不会给战俘的汤里加上猪油。雪上加霜的是日军停止供水，对于饱受发热折磨的病号来说，断水的煎熬无法忍受。库克觉得船上的情况要比从爪哇到新加坡的旅程更差，他相信大自然总有办法抹去最痛苦的记忆，然而，接下来几天里发生的一切犹如恐怖的噩梦挥之不去。库克回忆当时的情景，人们被迫做出一些“骇人的举动”，“难以想象人类居然能够做出这样的行为”。有人跪在濒死的人面前，让他们能够喝到一点尿液。有些用剃刀或者金属利器割开血管，这样他们可以彼此吸吮对方的鲜血，不过，试图以这种方式解渴的人多数都死去了。有些人完全放弃生存的希望，觉得有生之年再也见不到日光，等待死亡降临。

11月25日，船队到达日本门司码头，天气寒冷，战俘们都把自己紧紧裹在能找到的破衣服里。接下来又是例行的肛门检查，库克已经不在乎这些了，他觉得至少自己可以在干燥的土地上死去。回首往事，他觉得这次旅程绝对是自己战俘生活中“最严酷的时刻”。他所在的部队被日军与其他战俘分开，登上一艘渡轮渡过下关海峡。并非所有人都有足够的体力行走，传言说那些无力移动的战俘被日军用刺刀就地刺死。英军战俘被带到因岛上的哈布战俘营。库克认为，他们所遭受的所有痛苦的原因仅仅是帮助在码头工作的日本工人振奋精神。56

两条船上大约140名战俘死亡，280名战俘身体过于虚弱无法行走。日军把无法行走的战俘拖到岸上。然而在接下来的6个星期时间里，其中127人因为营养极度缺乏以及各种疾病死亡，其后果是导致大量劳力丧失，这种情况让日本陆军部不再沉默。12月10日一项命令中写道：“亚洲部队第1504号秘密命令。最近在运送战俘前往日本的途中，大量战俘患病或死亡，相当部分战俘由于在航程中不合适的待遇而无法工作。”接下来，命令要求负责运送战俘的官兵必须保证战俘在到达目的地后能够胜任体力工作，因为死亡或患病的战俘对日本毫无益处。但是日军往往对这项命令置若罔闻。57

从整体上看，战俘主要向北流向新加坡、缅甸、日本，10月份在各岛之间也有彼此交错的战俘流动。军官与专家从棉兰老岛的卡星战俘营乘船离开后，10月18日，剩下的美国战俘也被带离战俘营。他们乘坐敞篷平板卡车向北行驶到达博哥。

卡尔·诺丁（Carl Mordin）是军需补给部队的二等兵，曾经在和平时期在同一条路上驾车行驶。他看到一些与自己相识的菲律宾家庭在路边静静地注视着卡车驶过，现在，他坐在自己的卡车上成了战俘。

在博哥，大约1000名战俘登上一艘名为760丸的货船，船通过苏里高海峡，然后沿着棉兰老岛东海岸航行，路上没有护卫舰随行。诺丁回忆，大部分时间战俘可以在甲板上活动，“当时天气温和，阳光明媚，南海清风吹过，我们觉得非常惬意”。战俘们每天吃两顿米饭，睡在相对清洁的钢制甲板上。诺丁曾经在书上读到过，棉兰老岛东部某些海域深度居世界之最，几乎达到11公里，他希望美国潜艇能在此处发动攻击。