中央下发《五一六通知》，针对谁？周恩来也有猜测，但从未想到矛头是指向国家主席刘少奇
　　
　　4月16日，周恩来、邓小平、彭真、叶剑英和各中央局负责人到杭州，出席毛泽东召开的中央政治局常委扩大会议。22日，毛泽东在会上提出，我不相信只是吴晗的问题，吴晗问题之所以严重，是因为“朝里有人”，中央有，各区、各省、市都有，军队也有。出修正主义，不只文化出，党政军也要出，主要是党、军。24日，政治局常委扩大会议初步通过了经毛泽东多次修改审定的中共中央《通知》稿和以陈伯达为组长、江青等为副组长的中央文化革命小组成员名单。会议期间，周恩来找彭真谈了三次话。28、29日，毛泽东再次对彭真和中共北京市委提出严厉指责，并在党内一些文件上删去彭真的名字。
　　
　　根据毛泽东的意见，5月4日—26日，在北京召开中共中央政治局扩大会议，集中揭发批判彭真、陆定一、罗瑞卿、杨尚昆的“问题”。这次会议和同年8月召开的八届十一中全会，是“文化大革命”全面发动的标志。
　　
　　在会议期间，周恩来因为陪同来中国访问的阿尔巴尼亚党政代表团（这个代表团在4月28日来华，5月11日双方签署联合声明，周恩来同他们举行多次会谈，并陪同他们访问华北、东北、华东等地），没有出席前期的会议。
　　
　　5月5日，周恩来陪同毛泽东在杭州会见阿尔巴尼亚党政代表团。毛泽东在会见时说：要把两个可能放在心里。头一个可能是反革命专政，反革命复辟；第二个可能就是“剥笋”政策，（把坏的）一层层地剥掉。45年来，前后一共“剥掉”了几十个中央委员，但现在还有睡在我们身边没有发现的。
　　
　　毛泽东的这个意思，在5月16日中央政治局扩大会议正式通过的中共中央《通知》中表达得更为明确，其中最令人震惊的是毛泽东写下的一段话：
　　
　　混进党里、政府里、军队里和各种文化界的资产阶级代表人物，是一批反革命的修正主义分子，一旦时机成熟，他们就会要夺取政权，由无产阶级专政变为资产阶级专政。这些人物，有些已被我们识破了，有些则还没有被识破，有些正在受到我们信用，被培养为我们的接班人，例如赫鲁晓夫那样的人物，他们现在睡在我们的身旁，各级党委必须充分注意这一点。
　　
　　同到会的其他中央领导人一样，周恩来也表示同意中央《通知》，并在会上作了发言。但他这时并没有理解《通知》中这段话的真正含义。用他后来的话说，当时虽然已有些猜测，却未曾想到是指刘少奇，连主持这次会议的刘少奇本人也是这样。《通知》通过后的第三天，刘少奇、周恩来、邓小平在北京玉泉山会见一位外国党领导人时，都认为“中共党内的赫鲁晓夫、修正主义者”已经挖出来了。可见，对毛泽东的意图，中央领导核心的这些成员仍全然没有觉察。
　　
　　5月25日，中央政治局扩大会议结束的前一天，经康生策划，北京大学干部聂元梓等7人在校内贴出矛头对准北大党委和北京市委有关部门的大字报《陆平、宋硕、彭珮云在文化革命中究竟干了些什么？》。当天夜里，周恩来派人前往北大了解情况，严肃批评聂元梓等人的做法不符合中央内外有别的规定，是破坏纪律的行为。
　　
　　康生却背着在北京的刘少奇、周恩来、邓小平，私下将聂元梓等人的大字报底稿，送给远在杭州的毛泽东。6月1日晚，根据毛泽东的指示，大字报向全国广播。第二天，《人民日报》转载这篇大字报，同时发表评论员文章《欢呼北大的一张大字报》。这件事立刻引起极大的轰动。各大、中学学生纷纷起来，贴大字报，开批斗会，“造修正主义的反”。文化革命运动在北京和全国迅猛地展开。在北京主持中央日常工作的刘少奇、周恩来、邓小平等对这件事都毫无思想准备。陈毅曾就发表聂元梓等人大字报一事当面问周恩来：这么大的事情，为什么连招呼都不打一个？周恩来回答道：我也是在临近广播前才接到康生的电话，说要发表这篇大字报。后来，毛泽东对《人民日报》评论员文章写下批注：“危害革命的错误领导，不应当无条件接受，而应当坚决抵制。”显然，这里是有所指的。