1941年12月7日，当日本袭击美国珍珠港时，胡佛的作战计划已经成竹在胸。几个月来，他手下的特工一直在搜集有关美国政治嫌疑犯的情报。
　　
　　新任司法部部长弗朗西斯•比德尔签署命令，拘留了3846名德国、意大利和日本外侨。无论是否持有逮捕令，胡佛及其手下都已开始对数以百计危险分子进行围捕。为了获得这些嫌疑者的名单，他们不惜采取包括非法入室在内的一切手段。有一次，联邦调查局特工莫顿•奇利斯潜入了某德国同情者嫌疑人的公寓，偷走了他的地址簿，并在该嫌疑人返回家中时匆忙逃离。仓促之间，奇利斯将这本地址簿丢入邮箱。次日，当地邮局将其交给了联邦调查局。
　　
　　“这是非法的入室盗窃。”奇利斯说。但是，根据地址簿上的名单，“我将114人关进了集中营。”
　　
　　珍珠港事件发生后，对于总统将112000名日本人和日裔美国人强行监禁的命令，胡佛并不赞同。他不希望根据一个人的种族将其关押起来，而是希望对其进行调查，并且在必要的情况下，根据他们所效忠的国家将其监禁。
　　
　　总统扩大了胡佛在战时的权力。胡佛负责对每一个政府职位的申请人开展秘密调查。他开始与移民局合作，并且控制了美国边境、机场和火车站。他必须确保数以百计军事物资制造厂的安全。他有权对美国媒体进行审查。胡佛及其手下开始拆阅往来于纽约和华盛顿的特快信件，以及通过西部联盟、国际电话电报公司和美国无线电公司发送的所有电报。
　　
　　在战争的最初几个月中，当美国士兵、水兵和飞行员在北非、西欧和南太平洋浴血奋战时，联邦调查局也开始在国内外的战场上打击外国间谍和破坏者。
　　
　　1942年5月的最后两天，两艘德国潜艇驶离了法国的洛里昂港口。在第一艘潜艇上，有4名身着德国海军制服的纳粹破坏者。6月13日夜，他们在长岛的阿默甘西特登陆。第二艘潜艇载着另外4名纳粹间谍，一路开往佛罗里达州的杰克逊维尔。
　　
　　这8名德国奸细已经在美国居住了数年之久。他们不仅口音纯正，而且对美国各大城市十分熟悉，被纳粹势力招募后，他们扬言要炸毁美国的桥梁、隧道、火车站、百货商场和军事工厂。他们携带了装有烈性炸药的防水手提箱、外形酷似煤块的炸弹、雷管、引爆装置、伪造的社会保障卡以及约18万美元现金，并听命于阿勃韦尔一个名叫沃尔特•卡普的中尉。从1925年至1937年，卡普曾经在美国生活和工作，并担任美国最大法西斯和纳粹同情组织的宣传首领。回到德国以后，他开始为希特勒建立国际间谍网络。
　　
　　在长岛登陆的潜水艇上，由乔治•达施担任4名间谍的队长。在一战期间，年仅14岁的达施曾在德国陆军服役。19岁那年，他乘船偷渡到美国。在陆军服役一年后，他和一个美国女人结了婚，开始在纽约及其周边地区做侍应生。现在，他所效忠的国家有两个。虽然达施已经申请加入美国国籍，但是还没有完成手续，也没有宣誓效忠。
　　
　　子夜时分，达施和其他破坏者在海滩登陆时，被美国海岸警卫队的巡逻人员发现。约翰•卡伦看到有4个人在一艘救生艇上奋力划行，并且听到他们正在讲德语。其中一个人的手里还拿着枪，于是卡伦悄悄撤退。黎明时分，他带着一支海岸警卫队返回岸边。他们很快挖开了一个秘密埋藏地点，里面有炸弹、香烟和白兰地。卡伦随即向当地警方报告，警方很快与联邦调查局取得了联系。与此同时，这4个德国人乘坐清晨6点的火车，一同来到了纽约。达施及其同伙埃内斯特•伯格在市中心的一所旅馆入住。伯格虽然是一个德裔美国公民，但是已经被德国彻底同化。1927年至1933年，他住在底特律和密尔沃基，曾经从事机械工作。1933年返回德国后，他成了一名纳粹宣传者。直到1940年，在一次政治清洗活动中，伯格被盖世太保逮捕，并且在集中营里待了整整17个月。随后，他被阿勃韦尔招募，准备在美国开展破坏活动。
　　
　　达施和伯格在旅馆里进行了一番长谈。他们对这次行动十分怀疑，两人对第三帝国的忠诚也开始动摇，但是装满了现金的手提箱对他们来说充满了诱惑力。伯格想要将钱取出，然后一走了之。达施却说，他有一个更好的主意。随后，他拨通了联邦调查局驻纽约办事处的电话。