1912年初，鲁迅应中华民国南京临时政府教育总长蔡元培之邀，赴南京任教育部部员。同年4月，南京临时革命政府北迁，鲁迅先请假回绍兴省亲，而后从上海取海路北上，在北京政府教育部继续任职。就这样，从1912年5月至1926年8月，鲁迅在民国初年的教育部整整待了十四年。
　　
　　袁世凯继任中华民国大总统之后，各派军阀在帝国主义和国内买办豪绅阶级的支持下，穷兵黩武，相互间进行着连绵不断的战争。他们办教育的目的，一方面是为了钳制人民的思想，为其复辟倒退活动制造舆论，另一方面则是为了粉饰太平，点缀一种虚假的升平景象。北洋军阀政治上的反动性和腐朽性，决定了他们御用教育的腐朽性。在鲁迅任职期间，北京政府就更换过三十八次教育总长，二十四次教育次长。人事的频繁更迭，是各派军阀之间倾轧排挤、矛盾重重的具体表现。大多数部员也是群居终日，言不及义。经常不上班、杳如黄鹤者往往受重用，而真正办事的人反而受到打击、排挤。鲁迅极端厌恶那些在教育部的破脚躺椅上摆出一副螃蟹姿态而又不学无术的名公巨卿，极端鄙视那些上班之后专门喝清茶、唱京戏、诵佛经，甚至无聊到用拂尘不断掸土借以消磨时光的尸位素餐的同僚们。在这种腐败不堪的环境中，鲁迅仍然尽力做一些于人民有益的工作，像一株亭亭净植、高标挺秀的莲蓬，屹立在污浊不堪的泥塘之中。
　　
　　鲁迅在教育部，被任命为社会教育司第一科科长兼教育部佥事。“佥事”是一种职位，相当于四等或五等文官。“科长”是一种具体职务，社会教育司第一科的管辖范围包括博物馆、图书馆、美术馆、动植物园以及文艺、音乐、演剧等事项，实际上就是当时关于文化艺术方面的最高管理机构。
　　
　　鲁迅在教育部的主要贡献之一是筹建历史博物馆。该馆创始于1912年，筹备处原设国子监的彝伦堂内；1918年迁移新址，以天安门内的午门城楼为陈列室。在北洋军阀统治时期，帝国主义的“考古家”联翩而至，恣意劫掠我国的珍贵历史文物；腐朽透顶的军阀官僚对于古物的态度，也是不偷盗则糟蹋。比如原清政府存放于内阁大库中的一批古籍和文物(即所谓“大内档案”)，就被装进八千只麻袋塞进国子监的敬一亭中，长期无人过问，任其烂掉，霉掉，蛀掉，偷掉，到后来又被当做废纸，卖给纸店做再生纸的原料。鲁迅对当局侵吞和糟蹋文物的行径深感愤慨。在筹备历史博物馆期间，鲁迅多次将自己辛勤搜集的文物捐赠给该馆，对该馆的藏品更是倍加珍视，1913年11月20日，历史博物馆将十三种藏品送至教育部，准备交德人米伯和带至莱比锡参加翌年举行的国际雕刻博览会。深谙官场黑幕的鲁迅懂得：军阀时代，官盗不分。为了保证这批文物的安全，鲁迅特意回家取来两条毛毡，宿于部中，不眠至晓。1925年，杨柳吐绿抽芽的时候，鲁迅还亲自带领女师大国文系的学生登上午门，参观历史博物馆的各种陈列。这里的展品告诉人们，我们的祖先勤劳而又聪颖。他们创造了指南针、火药、印刷术和纸张，织出了举世惊叹的丝绸绢帛。那地震仪中含珠的龙头，能听到大地的脉搏；那指南车上的旋转的人形，能辨认征战的路线……这里的展品又清晰地昭示：我们的祖先五千年来走过的是一段坎坷艰辛的历程。那远古的瓦缶，曾经盛满他们苦涩的眼泪；那出土的箭矢，仍遗留着民族杀戮和阶级压迫的血痕。参观之后，原来仅仅感到快意的学生也不禁陷入了沉思：何时才能使我们古老的文明重新发射出旭日般的光泽?怎样才能不使我们祖先的才智荣耀沉积在历史的河底?