湘军一直没有让晚清政府安心，眼见太平天国在1864年铁定失败之后，晚清政府就着手解决湘军了。6月10日河南巡抚张之万开炮，建议开始裁撤湘军，6月16日南京被攻陷，不到一个月，冯子材等湘军、贵州兵勇、水师粤勇等纷纷被裁撤。曾国藩作为湘淮军的名义统帅，自然首当其冲。
　　
　　因此，在7月份曾氏便主动裁撤三四万人，又让曾国荃以养病为由回家。到了1865年，湘军由之前的13万多人迅速被裁撤一半多，楚军也被裁撤到了4万多人，淮军也被裁撤到了5万多人。而这时，捻军却突然间兴盛起来，致使晚清政府不得不重新起用湘军。
　　
　　早在1864年3月，晚清政府就要求李鸿章代替曾国藩为两江总督，迅速平灭湖北安徽地区的太平军和捻军。17日李鸿章赶到南京决定将淮军分三部分共同作战：刘铭传部北上，一部南下福建追剿太平军，一部留在江苏防守。
　　
　　但因为僧格林沁率领蒙古兵对阵捻军，晚清政府对他非常信任，所以对于湘淮军北上并没有太在意。哪知，1865年僧格林沁被杀，晚清政府连忙要求曾国藩督办直隶、山东、河南三省军务。
　　
　　此事极为让曾国藩苦恼，因为湘军大部被裁撤，只有依靠李鸿章的淮军。然而，淮军只听李鸿章的，所以他对能否调动淮军非常没有信心。在他与李鸿章的谋划下，李鸿章调拨刘铭传归属曾国藩调遣，潘鼎新部前往天津，调郭松林、杨鼎勋部回防。
　　
　　曾国藩的军事才能实在有限，对于捻军他采用建立四镇、驻扎四支重兵围剿的方略，然而，捻军骑兵迅速跳出包围圈。在数次战败之后，晚清政府于9月6日命李鸿章率兵前往河南，主管河南、山西、陕西三省军务。曾国藩对此极为反感，军无二帅，地无二主。曾国藩要求李鸿章不要北上，李鸿章也在此时要求如果北上自己的兵力太少，刘铭传、潘鼎新也要重回自己的帐下。
　　
　　而这时，河南巡抚吴昌寿则要求曾国藩交出兵权，李鸿章迅速出击要求吴昌寿交出兵权，最终1866年2月28日吴昌寿被免职。虽然湘淮共同努力打败了豫军统帅，但李鸿章和曾国藩在灭捻方略上的矛盾日渐加深。而曾国藩对自己的四镇重点防御，重兵等待捻军自动跳入包围圈的战略非常自信。李鸿章则私下里挖苦曾国藩的战略：“古有万里长城，今有万里长墙，不意秦始皇千年以后遇公等知音。”
　　
　　尽管李鸿章表面上是在挖苦正在曾氏军营听调的淮将刘秉璋，但刘氏仅仅是执行者，很显然李是对自己口中的恩师曾国藩的不屑。
　　
　　结果，豫军不听从曾国藩调遣，捻军渡运河成功。其后，曾国藩辞职，请调李鸿章、曾国荃主管剿灭东西捻的军务。清廷于10月20日任命李鸿章为钦差大臣，而湖北巡抚曾国荃与总督官文不和，曾国荃病退。其后，李鸿章、左宗棠先后派出人马剿捻。在此过程中，李鸿章的功劳最大，先后将东捻、西捻领袖歼灭。很大程度上，左宗棠在此间只是起到协助作用，因为他的主要精力都放在了处理陕甘问题上了。