回民起义过后，如何安置回军及其逃荒百姓的问题，成为了能否让陕甘大地长保和平的关键。长达11年的动乱，陕甘问题的处置大大不同于太平军、捻军的处置。太平军和捻军主要是汉族农民起义，把降军、流民发回原籍就可以了。
　　
　　陕甘回民又与西南苗民不同。回民与汉人混居在一起，如果发回原籍，那么很难保证已经胜利的汉民中不会有一些歹人、心怀仇恨的人报复回民。这样，回民再次起义的现象肯定会爆发。典型代表就是陕西知识界领袖贺瑞麟。作为知识分子中的领袖，此公竟然公然叫嚣：不许陕西回民回陕。
　　
　　另外，众所周知，回民的信仰教派不同。更为关键的是，陕甘两省回民在战时团结，战后和平年代就会因风俗、信仰不同发生矛盾。
　　
　　更为棘手的是，11年间，无论是汉民还是回民都有帮助对方的情况，例如汉民帮助回民失败后，如果这些汉民回归原籍的话，很明显这些人会被“处理”掉。回民帮助汉民者人口也较多，不可能各个成为官员，他们中的大部分如果回到原籍的话，这些人的命运也不会太好。
　　
　　为此，左宗棠提出了择地集中安置的方法，并针对迁移、安置、救援、保护等制定了以下几条原则：
　　
　　一、有水草的土地肥沃的地方；
　　
　　二、河流和平原相间的地方；
　　
　　三、有较多无主荒地的地方，以免日后有人来争夺；
　　
　　四、面积较为广阔的独立区域，以免汉回杂居再起纠纷；
　　
　　五、每户回民必须都要分到土地、房屋、窑洞、种子、耕牛、农具，每户的牲口也要配草料；六、迁徙过程中，大人每人每天口粮八两至一斤，小孩五两至八两；七、沿途地方官必须提供接送、保护、提供临时居住地以及一切生活物资；八、到达迁徙地后，愿意投奔亲属的可以自便，严禁土豪劣绅恐吓讹
　　
　　诈，违者杀。
　　
　　最终，这些移民都被安置在了陇东平原上：回民主要安置在平凉、会宁、静宁、安定、秦安等地，汉民主要安置在了安定等地。左宗棠的这些政策使得当时的一些陕甘汉人上层非常不满，他们认为左宗棠袒护回民不照顾汉民。许多当地官吏都暗中阻挠这些政策。为了执行自己的政策，左宗棠贬废了多名地方文武官员、杀了多名土豪劣绅、地方官吏。例如平凉武生李振基、灵州吕廷桂和苗维新等人。在诸多官员中，最有名的当属按察使史念祖，因为杀降回被左宗棠弹劾罢官（后任云南按察使、布政使，广西巡抚等职）。自此以后，史念祖成为地方督抚级人物中最公开反对并咒骂左宗棠的官员。